Nella chiesa, oltre a quella di Santa Monica, vi sono altre sepolture illustri, come i cardinali Lorenzo e Renato Imperiali, la penultima figlia di Lorenzo il Magnifico Contessina de' Medici ed il cardinale Girolamo Verallo: è curioso notare che, insieme alle venerate spoglie di santi e cardinali, giacessero al proprio interno, unica chiesa di Roma, anche le salme di famose cortigiane. In questa chiesa trovarono sepoltura Fiammetta, amante preferita di Cesare Borgia, Giulia Campana, la famosa Tullia d'Aragona e la sorella Penelope: le tombe sono tutte scomparse, forse eliminate dal furore della Controriforma.
Le cortigiane erano assidue frequentatrici di S. Agostino, tanto che avevano dei banchi a loro destinati nelle prime file al fine di evitare che i fedeli, guardandole, si distraessero durante le prediche e le sacre funzioni.