Il primo organo a canne dell'attuale basilica risale al 1431 e qui rimase sino al 1657-1658, quando venne sostituito da un nuovo strumento opera di Giuseppe Catarinozzi e Giuseppe Testa. Questo, distrutto da un incendio, fu sostituito da un altro organo, costruito da Giacomo Alari nel 1682. Nel 1838 venne inaugurato un nuovo strumento, voluto dal cardinale Cesare Brancadoro e costruito da Angelo Morettini ed ampliato nel 1867. Questo venne rimosso nei primi anni del XX secolo ed al suo posto venne installato un nuovo organo a canne, costruito nel 1905 da Carlo Vegezzi-Bossi e restaurato fra il 2005 e il 2007 dai suoi successori. Attualmente l'organo, collocato sull'apposita cantoria lignea in controfacciata, ha tre tastiere di 58 note ciascuna ed una pedaliera dritta di 30 ed è a trasmissione pneumatico-tubolare.